COVID-19 : PCR SARS-CoV-2 (sécretions respiratoires)

Auteur : Dr. Carmelo Lafuente
Dernière mise à jour : 25/07/2023

 Détection par RT-PCR de fragment

Détection par RT-PCR de fragments d'ARN spécifiques du SARS-CoV-2. Test de référence pour le diagnostique de COVID-19, celui qui combine les meilleures performances diagnostiques : Sensibilité 84-88%, spécificité 98-100% (Jarrom 2020, Mair 2021) .

Type de prélèvement :

Ecouvillon nasopharyngé, Salive.

Valeurs de référence

  • Valeurs normales

    Négative : absence totale d'ARN viral

  • Positive

    Toute détection d'ARN du virus

    Gène E et/ou région Orf

  • Cycle seuil (Ct)

    ARN viral en quantité élévée si Ct < 33

    Associé à la présence de virus viable, potentiellement contagieux

Précautions

  • Tolérance à l'écouvillonnage nasopharyngé
    Risque de réaction vagale, malaise …
  • Enfants : utiliser un écouvillon adapté
    Des écouvillons plus fins et plus courts existent

Indications

  • COVID-19 (Infection à SARS-CoV-2)
    Examen de référence pour le diagnostic de COVID-19. Sensibilité 84-88%, spécificité 98-100% (Jarrom 2020, Mair 2021).
    Le prélèvement de référence est l'écouvillonage nasopharyngé. Alternatives, moins sensibles : écouvillonage nasal, de la gorge, ou échantillon de salive (Tsang 2021)
  • Pneumopathie aigue infectieuse
    Toujours à considérer, en fonction de la prévalence du SARS-CoV-2
    • Autres indications :
  • Confusion mentale (Confusion aiguë, Sd. confusionnel aigu)
    Si en période épidémique ou de prévalence significative : la COVID-19 s'accompagne de confusion fréquemment chez les personnes âgées

Références